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云之彼端，约定的地方完整版》剧照再次经历一场世界大战后，日本被分割成南北两部分。在美军统治下的青森城，不黯世事的少年藤泽浩纪（吉冈秀隆 配音）和白川拓也（萩原圣人 配音）同时喜欢上了可爱的泽渡佐由理（南里侑香 配音），但是他们从来没有向佐由理表白，三人就这样微妙地保持着和谐。越过津轻海峡的另一方是北海道，联军在这个占领区建造一座神秘的巨塔。浩纪和拓也希望依靠自己的力量，制造一架小型飞机，去巨塔一探究竟，完成佐由理的心愿。但是中学三年级的夏天，佐由理突然不告而别，转学去了遥远的东京。佐由理走后，浩纪和拓也感到无限的空虚，他们郁闷地放弃了制造计划。不久后，浩纪也转学到东京，拓也则继续在青森读高中，从此两人天各一方。《
云之彼端，约定的地方完整版》剧照三年后，浩纪偶然得知佐由理的消息，原来那年夏天她得了一种怪病，从此一直昏睡不醒。浩纪决心唤醒沉睡中的佐由理，便辗转向拓也寻求帮助。于是为了心爱的女孩，两个昔日的好朋友再次相会，不约而同地向神秘的巨塔投向希望的目光。虽然在他们纯洁的心灵里面只是要唤醒佐由理，然而一场背负者拯救世界的重任也悄然间落在身上。
