最终圣战国语版完整版讲述了黑暗已经离我们远去，当大古不再变成光，当那句“所有的人类都可以凭借自己的力量变成光。”已经成为告别黑暗的一刻时，当有情人终成眷属，当最后的一刻的留念成为永恒。人类似乎真的相信，和平时代已经来临了。然而，就在迪迦奥特曼打败黑暗的支配者，为人类夺得光明的两年后，TPC国际和平组织的一项新的计划，又在将世界推向一个新的黑暗中去……
这项计划名为F计划，目的在于利用迪迦之地残留下的奥特曼的石像碎片，研究奥特战士的力量，使得这种力量为人类所使用，打击一切外来侵略者。就在正木敬吾事件之后，这项计划又悄悄的开始进行了。超古代遗迹露露耶，是迪迦奥特曼与黑暗的支配者加坦杰厄进行最终决战的战场，因此被TPC作为F计划的考察研究对象，而胜利队的居间队长也作为随行研究人员之一，被派往遗迹进行勘察，结果发现了黑暗界的三大巨人的石像（卡蜜拉、达拉姆和希特拉）。 但不幸的是，由于在探索过程中过分追求奥特曼力量，这3个在3000万年前被迪迦封印的三名黑暗的巨人复苏了，调查小组除了居间队长无一生还。 达拉姆和希特拉放出了大量的邪恶魔鸟——佐加，企图使世界的天空再度笼罩灭亡的黑暗。 此时，居间队长体内的3000万年前的地球警备团团长——幽怜的基因苏醒了，她放出了类似于迪迦之地金字塔一样的结界，封锁了遗迹，挡住了佐加与三大黑暗巨人的去路，随后又继续沉睡过去。
另一方面，与丽娜一起旅行结婚的大古，在遗迹事件发生后，经常会出现很离奇的梦和幻觉。先是梦见与丽娜的婚礼上所有的来宾都变成了卡蜜拉，再是看到三名黑暗的巨人和无数佐加幼鸟前来摧毁城市，而自己却得到了一个黑色的神光棒，也只能变成黑暗迪迦。但回过神来，却又什么也没发生，甚至因为在幻觉中说出卡蜜拉的名字而引起丽娜的不满（其实卡蜜拉就是3000万年前黑暗迪迦的恋人）。
最终圣战国语版完整版TPC本部内，胜利队副组长宗方正在为居间会队长替自己去遗迹的事而感到内疚，而TPC高层则认为。此次调查任务的失败，错误在于自身过分追求奥特曼的力量，为了确保世界能够继续和平。他们决定炸毁遗迹。 但坚信队长不会死的宗方以及胜利队队员们，坚决反对炸毁遗迹。此时，处于遗迹最黑暗的地方的居间惠队长苏醒了，处于迷茫状态的她，看见了超古代的城市遗迹，出现在她身后的，还有卡蜜拉、达拉姆和希特拉……
大古和丽娜回到了TPC本部，队员们为了不让大古不再继续战斗，而没有告诉他居间队长的事情。 为了保证队长能够平安归来，胜利队队员们出发前往露露耶遗迹拯救居间惠队长，却因为大量幼鸟佐加的攻击铩羽而归。
当晚，大古为了了解黑暗迪迦的真相，就去了TPC的仓库寻找幽怜的时光机器，但时光机器在播放完这一段黑暗迪迦与卡蜜拉、达拉姆和希特拉一起破坏世界的影象后就自毁了。就在这时，卡蜜拉、达拉姆和希特拉出现了，在攻击大古之后卡蜜拉说出了真相。3000万年前，四人在那时曾一同称霸露露耶，而迪迦则在幽怜的劝说之下弃暗投明，将达拉姆的力量，希特拉的速度以及卡蜜拉的黑暗力量夺走并封印在了黑暗中（其实这些都是卡蜜拉使用的幻术）。因为非常爱着黑暗迪迦，同时也为了能打破幽怜的结界，卡蜜拉将黑暗的神光棒交给大古并以居间惠队长威胁。她希望迪迦能够回到从前的样子并回到她的身边，重新称霸露露耶。
昏迷中的大古看到了露露耶的超古代城市遗迹，3000万年前，奥特曼在击倒了所有敌人之后，为了利益而开始了内战，使超古代文明毁于一旦。幽怜告诉大古，在三大巨人复苏的同时，她放出了结界阻止他们，而结界的寿命为100年，如果大古重新拿起黑暗的力量，那么结界就会消失。
为救出居间队长，也为了结这一段恩怨，大古孤身前往露露耶。在露露耶，大古又一次变成了黑暗迪迦，而且在变身时结界也被打破了，而且露露耶也爆发出了比加坦杰厄出现时更强的黑暗能量，佐加又一次使世界笼罩在黑暗的天空下。GUTS的亚格迪斯号在佐加的攻击下逐渐不支，幸而未来的SUPER GUTS（队长喜比刚助、副队长幸田敏行、队员寿矢幸平和队员由美村良）前来支援才转危为安。而且，居间队长也依靠宗方指挥送给她的护身符拿到了掉在洞中的引爆器，消灭了所有的佐加。而迪迦为了人类未来的美好生活，分别与达拉姆、希特拉展开对决，重新得到了力量和速度并击败了达拉姆和希特拉。
与卡蜜拉一战时，卡蜜拉召唤出超古代的黑暗力量并变成了恐怖的暗黑魔超兽迪莫杰厄。迪迦为了保护丽娜，终于倒下了。就在丽娜为大古的倒下而开始绝望时，奇迹出现了。 长眠在超古代文明遗迹的超古代战士们，将自己的光芒给予了迪迦，迪迦奥特曼变成了闪耀的形态，最终打败了迪莫杰厄，而露露耶再一次沉入了海中。
一年后，大古和丽娜去了参加了火星移民计划。不过在踏上旅途之前，有一个刚进入TPC的年轻人向大古脱帽行礼，那人竟是——飞鸟信！六年后保护地球不断对抗斯菲亚，消失在宇宙彼岸的英雄—戴拿奥特曼。
虽然是之后拍摄的作品但是却将GUTS与SUPER GUTS的关系连贯起来。
在支援亚特迪斯号是喜比队长说了一句；“我们还是训练中的新兵”这也算是SUPER GUTS的“提前亮相”。
