当时的起义在1638年暴发，不男不女的妖异少年天草四郎为首的天主教徒，聚集农民和天主教徒37000多万人发动了起义，攻击德川幕府的各地政权。起义军开始时势如破竹，连连击败幕府军队，攻下了几座城池，而且影响越来越大，参加进来的农民逐渐增多。德川幕府紧急调动各地诸侯的兵力12万镇压起义农民，起义军和幕府诸侯军队血战3个多月后终因寡不敌众而失败，起义军领袖、年青的天主教徒天草四郎也被幕府军队抓获，被判斩首示众，他死前却大声疾呼：我将像天主基督一样复活！\
这个事件很快过去了100年，幕府统治者慢慢淡忘了“岛原之乱”，突然间，又出现了一个自称是天草四郎的少年，为推翻幕府统治聚集民众，并以妖异手段聚集了更多的起义者——天草四郎真的复活了！当时的日本正处于德川家光时代，负责保护幕府政权的是武林世家柳生家族，他们坚守自己的职责和天草四郎展开了或大或小的战斗。其中，武林家族柳生派的第一高手是柳生十兵卫，他的家族武术渊源甚深，对剑术尤其精湛，而天草四郎则不断锻炼妖异魔法，也具备常人无法企及的法力，他们两人都感受到了对方的威胁，正邪激战一触即发……
