玛戈皇后电影讲述十六世纪后半叶的法国处于胡格诺战争时期，天主教徒与新教徒进行着残酷的内战，宫廷内部奢华淫靡，腐败不堪。公元1572年，信仰天主教的王室为结束战争，决定与新教徒的首领纳瓦尔国王亨利·德·波旁（丹尼尔·奥图饰）联姻，身为国王妹妹的玛格丽特公主（伊莎贝尔·阿佳妮饰），便成为政治婚姻的牺牲品。玛格丽特与亨利的婚礼在巴黎举行，就在众人欢庆婚礼之时，在凯瑟琳·德·梅第奇王太后（维尔娜·丽丝饰）的策划下，一场针对新教徒的大屠杀拉开帷幕，圣巴托罗缪之夜使整个法国血流成河。后来又经过数年战乱，玛格丽特的兄弟们全都死于非命，而她的丈夫则意外地继承了法国王位，成为波旁王朝的开国君主亨利四世，玛格丽特也从公主变成玛戈王后。
