纳斯星的阿吉亚部落,世世代代都守护着神之树。可是就在这次神树发光的前夕,纳斯星上突然出现了许多宇宙海盗,他们派出一只奇异而又凶猛的精灵闯入阿吉亚部落,企图夺取神树的光之果。赛尔号上的SPT先锋小队成员赛小息等人来此考察时无意间撞见这只精灵,立刻加入了战斗,最后将这只精灵打回精元。阿吉亚族公主莫娜告诉小赛尔们:这只精灵是消亡了几万年的远古系精灵邪神--库贝多,他的苏醒,整个宇宙将会受到严重威胁。而宇宙海盗,则是幕后黑手。库贝多的精元被突然出现的宇宙海盗迪恩抢走,先锋小队只得寻求雷伊、盖亚、布莱克、卡修斯四精灵的帮助。但是因为误会,盖亚和布莱克闹翻,不但使库贝多进化为了库贝恶,还让四精灵陷入迪恩的陷阱。危机时刻,赛小息牺牲自己让盖亚和布莱克解除了误会。四精灵组成了战神联盟,即刻前往阿吉亚族村落。但是因为库贝恶的出现,神树倒塌了。吃下光之果的库贝恶进化为库贝萨。经过一番苦战,在米咔进化--米瑞尔的帮助下,众人击败了库贝多的超进化体--库贝萨,守护了纳斯星的和平。神树在光之果的能量下复活。告别时刻,雷伊将阿瑞斯水晶交给罗杰船长,使赛小息得以恢复。而四大精灵组成的"战神联盟",继续守护宇宙的和平。